Gephiを使ってグラフ化画像を生成する(1)

Gephiのサンプルソースを使ってグラフ画像を生成してみた。

(1).netbeansをinstallする
ここからダウンロードする。
-- 実行権限を与える

$ chmod u+x netbeans-7.1-ml-javase-linux.sh

(2).サンプルプロジェクト起動
-- gephi-toolkit-0.8.3-all.zipをここからダウンロードする。

$ wget https://github.com/downloads/gephi/gephi/gephi-toolkit-0.8.3-all.zip
$ gunzip gephi-toolkit-0.8.3-all.zip

-- netbeansでプロジェクトを開く
プロジェクトはgephi-toolkit-0.8.3-all/toolkit-demosフォルダ。

(3).ソースの中身
-- 実行ファイル

$ vim src/org/gephi/toolkit/demos/Main.java

ここにいろいろなデータの読み込みサンプルがつまっている。

-- HeadlessSimple.java
グラフ記述ファイル(polblogs.gml)を読み込んでグラフを生成している。
グラフの関係記述ファイルは以下においてある。

org/gephi/toolkit/demos/resources/polblogs.gml

このファイルはGML(Graph Modelling Language)というグラフ生成用に作られたフォーマット。
詳細はここからSpecificationをダウンロードできる。
GephiでのGMLフォーマットの説明はここ。

中身はこんなの。nodeとedgeを永遠と定義されている。

graph [
 directed 1
 node [
   id 1
   label "100monkeystyping.com"
   value 0
   source "Blogarama"
 ]

  |
  |

edge [
   source 267
   target 1394
 ]
]

詳細はこんどSpecificationをじっくり読むとしてnodeはnode情報、edgeが関連情報
と理解して先に進む。

つづくー
(参考)
創るJava NetBeansでつくって学ぶJava GUI & Webアプリケーション[改訂第3版]

グラフデータベースってなんだろ？メモ

最近、SNSの人間関係（つながり）についてグラフデータベースが話題になっている。
複雑な人間関係を表現するときにRDBを使っていると再帰処理が増えてパフォーマンスが劇的に
悪化するからだ。
複雑で頻繁に変化する人間関係をデータベース化するのにグラフデータベース(NoSQL)がよく使われている。

グラフデータベースは以下の３要素を使うらしい。
　①ノード（node）
　②リレーションシップ（relationship）
　③プロパティ（property）
ノードの概念を使うため、膨大なグラフを抽出しても局所的にみると１ステップの検索コストは
ほとんど変わらないのが特徴。

グラフデータベースには
　Neo4j、Sones、InfoGrid、OrientDB、InfiniteGraph
などがある。
有名なDBはAPGLv3なので商用利用の場合は気をつけた方がいい。

Tinker Popは詳しく調べてみないと。
　Gremlin、Blueprints、Pipes、Rexster、Mutant
などがありGraphDBを統一的に扱うためのラッパーレイヤーライブラリー
みたいなもんと想像している。

参考：
「GraphDB徹底入門」〜構造や仕組み理解から使いどころ・種々のGraphDBの比較まで幅広く〜
グラフデータベース、NOSQL、Neo4j