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2012-02-02(Thu)

neo4j-server Mismatching store version found (Uknown while expecting v0.A.0)





/usr/lib/python2.6/site-packages/jpype/_pykeywords.py:18: DeprecationWarning: the sets module is deprecated
import sets
DEBUG:root:trans_contents start
org.neo4j.graphdb.TransactionFailureException: Could not create data source [nioneodb], see nested exception for cause of error
at org.neo4j.kernel.impl.transaction.TxModule.registerDataSource(TxModule.java:161)
at org.neo4j.kernel.GraphDbInstance.start(GraphDbInstance.java:104)
at org.neo4j.kernel.EmbeddedGraphDbImpl.(EmbeddedGraphDbImpl.java:187)
at org.neo4j.kernel.EmbeddedGraphDatabase.(EmbeddedGraphDatabase.java:80)
Caused by: java.lang.IllegalStateException: Mismatching store version found (Uknown while expecting v0.A.0) and the store is not cleanly shutdown. Recover the database with the previous database version and then attempt to upgrade
at org.neo4j.kernel.impl.nioneo.store.NeoStore.checkVersion(NeoStore.java:125)
at org.neo4j.kernel.impl.nioneo.store.CommonAbstractStore.(CommonAbstractStore.java:103)
at org.neo4j.kernel.impl.nioneo.store.AbstractStore.(AbstractStore.java:119)
at org.neo4j.kernel.impl.nioneo.store.NeoStore.(NeoStore.java:78)
at org.neo4j.kernel.impl.nioneo.xa.NeoStoreXaDataSource.(NeoStoreXaDataSource.java:165)
at sun.reflect.NativeConstructorAccessorImpl.newInstance0(Native Method)
at sun.reflect.NativeConstructorAccessorImpl.newInstance(NativeConstructorAccessorImpl.java:57)
at sun.reflect.DelegatingConstructorAccessorImpl.newInstance(DelegatingConstructorAccessorImpl.java:45)
at java.lang.reflect.Constructor.newInstance(Constructor.java:525)
at org.neo4j.kernel.impl.transaction.XaDataSourceManager.create(XaDataSourceManager.java:77)
at org.neo4j.kernel.impl.transaction.TxModule.registerDataSource(TxModule.java:155)
... 3 more

確かにneo4j-community-1.4.M01で古いバージョンだ。
新しいバージョンで試してみる。
ココから最新版をダウンロード。
最新版はneo4j-community-1.6-unix.tar.gzだ。

これで再起動して実行してみる。
よし、OK!






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2012-02-01(Wed)

neo4j-server Unable to lock store Error





CentOSでpython neo4j-embedded-1.6を使ってDBに書きこもうとすると以下のエラー
が発生したのでメモる。

DEBUG:root:trans_contents start
org.neo4j.graphdb.TransactionFailureException: Could not create data source [nioneodb], see nested exception for cause of error
at org.neo4j.kernel.impl.transaction.TxModule.registerDataSource(TxModule.java:161)
at org.neo4j.kernel.GraphDbInstance.start(GraphDbInstance.java:104)
at org.neo4j.kernel.EmbeddedGraphDbImpl.(EmbeddedGraphDbImpl.java:187)
at org.neo4j.kernel.EmbeddedGraphDatabase.(EmbeddedGraphDatabase.java:80)
Caused by: java.lang.IllegalStateException: Unable to lock store [/vol/tools/neo4j-community-1.4.M01/data/graph.db/neostore], this is usually a result of some other Neo4j kernel running using the same store.
at org.neo4j.kernel.impl.nioneo.store.CommonAbstractStore.checkStorage(CommonAbstractStore.java:174)
at org.neo4j.kernel.impl.nioneo.store.CommonAbstractStore.(CommonAbstractStore.java:102)
at org.neo4j.kernel.impl.nioneo.store.AbstractStore.(AbstractStore.java:119)
at org.neo4j.kernel.impl.nioneo.store.NeoStore.(NeoStore.java:78)
at org.neo4j.kernel.impl.nioneo.xa.NeoStoreXaDataSource.(NeoStoreXaDataSource.java:165)
at sun.reflect.NativeConstructorAccessorImpl.newInstance0(Native Method)
at sun.reflect.NativeConstructorAccessorImpl.newInstance(NativeConstructorAccessorImpl.java:57)
at sun.reflect.DelegatingConstructorAccessorImpl.newInstance(DelegatingConstructorAccessorImpl.java:45)
at java.lang.reflect.Constructor.newInstance(Constructor.java:525)
at org.neo4j.kernel.impl.transaction.XaDataSourceManager.create(XaDataSourceManager.java:77)
at org.neo4j.kernel.impl.transaction.TxModule.registerDataSource(TxModule.java:155)


同じプロセスが動いている可能性がある。
$ ps -aux | grep neo4j
[neo4j@ip-10-156-117-25 uki2neo4j]$ ps aux | grep neo4j
root 12423 0.0 2.4 421668 41424 ? Sl 12:15 0:06 java -Dwrapper.pidfile=/vol/tools/neo4j-community-1.4.M01/data/neo4j-server.pid -Dwrapper.service=true -Dwrapper.visible=false -Xrs -jar /vol/tools/neo4j-community-1.4.M01/bin/wrapper.jar -c /vol/tools/neo4j-community-1.4.M01/conf/neo4j-wrapper.conf
neo4j 13263 2.6 2.0 420156 34608 pts/1 Sl+ 20:33 0:00 java -Dwrapper.pidfile=/vol/tools/neo4j-community-1.4.M01/data/neo4j-server.pid -Dwrapper.service=true -Dwrapper.visible=false -jar /vol/tools/neo4j-community-1.4.M01/bin/wrapper.jar -px /vol/tools/neo4j-community-1.4.M01/conf/neo4j-wrapper.conf
一度殺して再起動させてみたらこの問題はクリア。


参考:
Pythonスタートブック
みんなのPython

2012-01-29(Sun)

Neo4j-serverのconfig設定

Neo4j-serverのconfig設定はココをみればだいたいわかる。

propertiesファイルは4つあるそうだ。
Quick info
①The server’s primary configuration file is found under conf/neo4j-server.properties
②The conf/log4j.properties file contains the default server logging configuration
③Low-level performance tuning parameters are found in conf/neo4j.properties
④Configuraion of the deamonizing wrapper are found in conf/neo4j-wrapper.properties


まずは、ほとんどデフォルトでも動く。
conf/neo4j-server.properties設定だけでも見ておこう。
$ vim /usr/local/neo4j/conf/neo4j-server.properties
# location of the database directory(DBの設定)
org.neo4j.server.database.location=data/graph.db

# http port (for all data, administrative, and UI access)(DBポートの設定)
org.neo4j.server.webserver.port=7474

#allow any client to connect(アクセス許可IP設定)
org.neo4j.server.webserver.address=0.0.0.0

# location of the servers round-robin database directory(ラウンドロビンで使うDBディレクトリの設定)
org.neo4j.server.webadmin.rrdb.location=data/graph.db/../rrd
------


パフォーマンスチューニングはconf/neo4j.propertiesで設定する。
メモリとかが主かな。

2012-01-28(Sat)

Ubuntuでneo4jサーバーを起動させる

neo4jサーバーを起動させてみる。
だいたいココをみればわかる。

今回はUbuntuで挑戦。

(1).neo4j-serverの最新版をダウンロード
http://neo4j.org/download
このディレクトリに解答する。
/usr/local/neo4j-community-1.4.M01
でリンクをはる。
$ ln -s /usr/local/neo4j-community-1.4.M01 neo4j


(2).bashrc設定
$ vim ~/.bashrc
export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-openjdk
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin
export CLASSPATH=.:$JAVA_HOME/jre/lib:$JAVA_HOME/lib:$JAVA_HOME/lib/tools.jar
export NEO4J_HOME=/usr/local/neo4j
export PATH=$PATH:$NEO4J_HOME/bin
$ source ~/.bashrc


(3).neo4j-server起動
$ cd /usr/local/neo4j/bin
$ sudo ./neo4j install
************* INSTALLING neo4j-server ***********************
Service neo4j-server installed


サービス登録されているか確認してみる。
$ chkconfig -l | grep neo
neo4j-server 0:off 1:off 2:on 3:off 4:off 5:off 6:off


やっと起動
$ sudo /etc/init.d/neo4j-server start
Starting neo4j-server ...
Jan 28, 2012 8:41:14 PM org.apache.commons.vfs.VfsLog info
INFO: Using "/tmp/vfs_cache" as temporary files store.
Jan 28, 2012 8:41:14 PM org.rzo.yajsw.os.posix.PosixService init
INFO: /etc/init.d/neo4j-server already exists
************* STARTING neo4j-server ***********************

Jan 28, 2012 8:41:14 PM org.rzo.yajsw.os.posix.PosixService getPid
INFO: wrapper pid file: /usr/local/neo4j-community-1.4.M01/data/neo4j-server.pid
Jan 28, 2012 8:41:14 PM org.rzo.yajsw.os.posix.PosixService startProcess
INFO: calling "java" "-Dwrapper.pidfile=/usr/local/neo4j-community-1.4.M01/data/neo4j-server.pid" "-Dwrapper.service=true" "-Dwrapper.visible=false" "-Xrs" "-jar" "/usr/local/neo4j-community-1.4.M01/bin/wrapper.jar" "-c" "/usr/local/neo4j-community-1.4.M01/conf/neo4j-wrapper.conf"
Jan 28, 2012 8:41:14 PM org.rzo.yajsw.os.posix.PosixService getPid
INFO: wrapper pid file: /usr/local/neo4j-community-1.4.M01/data/neo4j-server.pid
Jan 28, 2012 8:41:16 PM org.rzo.yajsw.os.posix.PosixService getPid
INFO: wrapper pid file: /usr/local/neo4j-community-1.4.M01/data/neo4j-server.pid
Jan 28, 2012 8:41:18 PM org.rzo.yajsw.os.posix.PosixService getPid
INFO: wrapper pid file: /usr/local/neo4j-community-1.4.M01/data/neo4j-server.pid
rudi 0

Jan 28, 2012 8:41:34 PM org.rzo.yajsw.os.posix.PosixService getPid
INFO: wrapper pid file: /usr/local/neo4j-community-1.4.M01/data/neo4j-server.pid
rudi 0
Service neo4j-server started

よし、起動した。

2012-01-23(Mon)

Gephiを使ってグラフ化画像を生成する(2)

今回はpostgreSQLとDephiライブラリーを連携させようと試みる。
今日は、そのDBを構築しておく。

必要なテーブルは以下の2テーブル。
①Node用テーブル
②edge_t用テーブル


まずデータベースを作成する。
createdb -W -E UTF-8 buddydb


ついでにデータもいくつか入れておこう。
BEGIN;
--
-- PostgreSQL database dump
--

SET statement_timeout = 0;
SET client_encoding = 'UTF8';
SET standard_conforming_strings = on;
SET check_function_bodies = false;
SET client_min_messages = warning;

--
-- Name: plpgsql; Type: EXTENSION; Schema: -; Owner:_
--

CREATE EXTENSION IF NOT EXISTS plpgsql WITH SCHEMA pg_catalog;


--
-- Name: EXTENSION plpgsql; Type: COMMENT; Schema: -; Owner:_
--

COMMENT ON EXTENSION plpgsql IS 'PL/pgSQL procedural language';


SET search_path = public, pg_catalog;

SET default_tablespace = '';

SET default_with_oids = false;

--
-- Name: egender_t; Type: TABLE; Schema: public; Owner: postgres; Tablespace:_
--

CREATE TABLE node_t (
id integer NOT NULL,
idnode integer,
label text,
url text
);


ALTER TABLE public.node_t OWNER TO postgres;
CREATE SEQUENCE node_t_id_seq
START WITH 1
INCREMENT BY 1
NO MINVALUE
NO MAXVALUE
CACHE 1;

ALTER TABLE public.node_t_id_seq OWNER TO postgres;
ALTER SEQUENCE node_t_id_seq OWNED BY node_t.id;
SELECT pg_catalog.setval('node_t_id_seq', 1, true);
ALTER TABLE node_t ALTER COLUMN id SET DEFAULT nextval('node_t_id_seq'::regclass);

CREATE TABLE edge_t (
id integer NOT NULL,
source integer,
target integer,
name text,
weight integer
);


ALTER TABLE public.edge_t OWNER TO postgres;
CREATE SEQUENCE edge_t_id_seq
START WITH 1
INCREMENT BY 1
NO MINVALUE
NO MAXVALUE
CACHE 1;

ALTER TABLE public.edge_t_id_seq OWNER TO postgres;
ALTER SEQUENCE edge_t_id_seq OWNED BY edge_t.id;
SELECT pg_catalog.setval('edge_t_id_seq', 1, true);
ALTER TABLE edge_t ALTER COLUMN id SET DEFAULT nextval('edge_t_id_seq'::regclass);

INSERT INTO node_t (id, idnode, label, url) VALUES (1, 0, '桑田佳祐', 'http://www.uki2view.jp/ukimedia/icon/joy.png');
INSERT INTO node_t (id, idnode, label, url) VALUES (2, 1, '及川光博', 'http://www.uki2view.jp/ukimedia/icon/sad.png');
INSERT INTO node_t (id, idnode, label, url) VALUES (3, 2, '小栗旬', 'http://www.uki2view.jp/ukimedia/icon/angry.png');
INSERT INTO node_t (id, idnode, label, url) VALUES (4, 3, '浜崎あゆみ', 'http://www.uki2view.jp/ukimedia/icon/smile.png');
INSERT INTO node_t (id, idnode, label, url) VALUES (5, 4, '仲間由紀江', 'http://www.uki2view.jp/ukimedia/icon/joy.png');
INSERT INTO node_t (id, idnode, label, url) VALUES (6, 5, '金城武', 'http://www.uki2view.jp/ukimedia/icon/sad.png');
INSERT INTO node_t (id, idnode, label, url) VALUES (7, 6, '佐々木望', 'http://www.uki2view.jp/ukimedia/icon/smile.png');

INSERT INTO edge_t (id, source, target, name, weight) VALUES (1, 0, 1, 'knows', 1);
INSERT INTO edge_t (id, source, target, name, weight) VALUES (2, 0, 2, 'knows', 1);
INSERT INTO edge_t (id, source, target, name, weight) VALUES (3, 0, 3, 'knows', 1);
INSERT INTO edge_t (id, source, target, name, weight) VALUES (4, 0, 4, 'knows', 2);
INSERT INTO edge_t (id, source, target, name, weight) VALUES (5, 4, 5, 'knows', 1);
INSERT INTO edge_t (id, source, target, name, weight) VALUES (6, 4, 6, 'knows', 1);

ALTER TABLE ONLY node_t
ADD CONSTRAINT node_t_pkey PRIMARY KEY (id);

ALTER TABLE ONLY edge_t
ADD CONSTRAINT edge_t_pkey PRIMARY KEY (id);


CREATE INDEX node_t_id_idx ON node_t USING btree (id);
CREATE INDEX node_t_idnode_idx ON node_t USING btree (idnode);

CREATE INDEX edge_t_id_idx ON edge_t USING btree (id);
CREATE INDEX edge_t_source_idx ON edge_t USING btree (source);
CREATE INDEX edge_t_target_idx ON edge_t USING btree (target);

COMMIT;


つづくー
(参考)
PostgreSQL徹底入門 第3版
PostgreSQL全機能リファレンス (アドバンストリファレンスシリーズ)
プロフィール

kumagonjp2

Author:kumagonjp2
Python,Django,R,Mongo,MySQL,Struts,Spring,データマイニングなどサーバー関係のメモを残していきます。

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