R Gtk2 configure: error: GTK version 2.8.0 required on Ubuntu12.04 LTS

RにRGtk2パッケージをインストールしてみたら依存関係エラーが発生した。

> install.packages("RGtk2")
Installing package(s) into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
URL 'http://cran.ism.ac.jp/src/contrib/RGtk2_2.20.25.tar.gz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 2784794 bytes (2.7 Mb)
開かれた URL
==================================================
downloaded 2.7 Mb

* installing *source* package ‘RGtk2’ ...
** パッケージ ‘RGtk2’ の解凍およびMD5サムの検証に成功しました
checking for pkg-config... /usr/bin/pkg-config
checking pkg-config is at least version 0.9.0... yes
checking for INTROSPECTION... no
checking for GTK... no

configure: error: GTK version 2.8.0 required
ERROR: configuration failed for package ‘RGtk2’
................
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/RGtk2’
Warning in install.packages :
installation of package ‘RGtk2’ had non-zero exit status

The downloaded source packages are in
‘/tmp/Rtmpn65OzB/downloaded_packages’

configure: error: GTK version 2.8.0 required
ここから推測するとGTKのdevとか入れないとあかんのかな？
と思ってググるとここにlibgtk2.0-devが必要と書いてある。

$ sudo apt-get install libgtk2.0-dev

で解決した。

Install Rcmdr for MacOS 10.6

MacOSへRコマンダーをインストールしたのでメモる。
Linuxとは違い、tcltkというものを独自でインストールする必要があるようだ。
ここからダウンロードしてインストールする。
これでtcltk-8.5.5-x11.dmgがダウンロード＆インストールできた。
次にRを起動して

> install.packages("Rcmdr")
> library(Rcmdr)

すると以下のとおりポップアップが表示される。(クリックで拡大)

パッケージが足りないのでインストールしますか？ということなのでお願いします[YES]をクリック。

CRANリポジトリからインストールしますよ。なので[OK]をクリック。
そうするとインストールが終わり以下の画面が表示される。

RとrJava

Windows7 64bit版にRとrJavaをインストールしたとき少しハマったのでメモる。

R 64bit版をインストール
Rダウンロードはここから。
現時点ではR2.15.2が最新版だ。

rJavaパッケージをインストール
Rを起動して以下を打ち込む。

> install.packages('rJava')

するとこんなエラーが。。。
「コンピュータにjvm.dllがないため、プログラムを開始できませんでした........」


Windows7 64bit版だとこういうエラーが発生するらしい。
環境変数をいじって解決する。

コントロール パネル\システムとセキュリティ\システム\システムの詳細設定
と進み環境変数まで進む。
で以下を追加する。

C:\Program Files\Java\jre7\bin\server;
C:\Program Files\R\R-2.15.2\library\rJava\jri\x64;
C:\Program Files\R\R-2.15.2\bin\x64;
C:\Program Files\Java\jre7\bin;

すると、エラーが消えてうまくいく。

> install.packages('rJava')
> .jpackage("rJava")
> .jengine(TRUE)

参考：
　[R][統計解析][データマイニング] R を Eclipse で使う
　[R][統計解析][データマイニング] Java R Interface (JRI) を用い 統計解析環境 R を Java から使用する
　Rダウンロード

正規分布に従う乱数発生の方法

ほぼ以下を元ネタにしているのでこちらの方が詳細に書いてあると思う。
60. 確率分布と乱数

3 変量正規分布に従う乱数を生成する関数 r3norm() を定義する

> r3norm <- function(mu, A, n) {
>    U <- svd(A)$u;  V <- svd(A)$v;  D <- diag(sqrt(svd(A)$d))
>    B <- U %*% D %*% t(V) # 行列 A の平方根
>    w <- c()
>    for (i in 1:n) w <- append(w, list(mu + B%*%cbind(rnorm(3))))
>    return(w)
> }
> mu3 <- cbind(c(1,1,1))   # 平均ベクトル(縦ベクトル)
> A3 <- array(c(2,1,1,1,2,1,1,1,2), dim=c(3,3))
> w3 <- r3norm(mu3, A3, 2000)
> head(w3)
[[1]]
         [,1]
[1,] 3.760969
[2,] 1.506681
[3,] 2.271915
---- 以下省略

では、4変量正規分布に従う乱数を生成する関数 r4norm() を定義すると

> r4norm <- function(mu, A, n) {
>    U <- svd(A)$u;  V <- svd(A)$v;  D <- diag(sqrt(svd(A)$d))
>    B <- U %*% D %*% t(V) # 行列 A の平方根
>    w <- c()
>    for (i in 1:n) w <- append(w, list(mu + B%*%cbind(rnorm(4))))
>    return(w)
> }
> mu4 <- cbind(c(1,1,1,1)) # 平均ベクトル(縦ベクトル)
> A4 <- array(c(2,1,1,1,1,2,1,1,1,1,2,1,1,1,1,2), dim=c(4,4))
> w4 <- r4norm(mu4, A4, 2000)
> head(w4)
[[1]]
           [,1]
[1,]  0.9252319
[2,] -0.4436436
[3,] -0.3861779
[4,] -0.1728883
---- 省略

この４乱数が本当に正規分布を描いているか確認してみる。

# 一つ目のデータだけ取り出す
> y<-c()
> x<-c(1:2000)
> for (i in 1:2000) y<-append(y, w4[[i]][1])
> head(y)
[1]  0.9252319 -0.6451168  3.6471124 -1.1930477  0.4600912  1.0727863

# Summaryデータから平均を取得
> summary(y)
    Min.  1st Qu.   Median     Mean  3rd Qu.     Max. 
-3.48500  0.03779  0.99330  0.98500  1.96500  5.68700
> quantile(y) # クォンタイル点
         0%         25%         50%         75%        100% 
-3.48457453  0.03778559  0.99330414  1.96540774  5.68672752
# 標準偏差を取得
> variance <- function(x) var(x)*(length(x)-1)/length(x)
> sqrt(variance(y))
[1] 1.389023

> # グラフ描画
> plot(y,dnorm(y, mean=0.9850483, sd=1.38937), type="n")
> curve(dnorm(x, mean=0.9850483, sd=1.38937), type="l",add=T)

確かにちゃんと正規分布が描かれています。納得。

CentOSへRをインストール

CentOS6.3 64bitへRをインストールしてみたのでメモる。

epelを使ってインストール

$ sudo rpm -ihv http://ftp.riken.jp/Linux/fedora/epel/6/x86_64/epel-release-6-8.noarch.rpm
$ sudo yum check-update
$ sudo yum --enablerepo=epel install R

ついでにrpy2もインストール

$ pythonbrew switch 3.3.0
$ pip install rpy2

参考：
日々の記録